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Tokyo, 1999. Kamui Shirô, un lycéen aux pouvoirs immenses, revient dans la capitale après six ans d'absence, comme sa mère le lui a demandé avant de mourir. Il y retrouve ses amis d'enfance, Kotori et son frère Fûma, qu'il veut protéger mais qu'il tient à distance. Son retour ne passe pas inaperçu. Deux camps se préparent à la bataille qui décidera du sort de l'humanité : les sept Dragons du Ciel veulent sauver le monde tel qu'il est, les sept Dragons de la Terre veulent faire disparaître les hommes pour rendre la planète à la nature. Chacun compte sur Kamui, car son choix fera pencher la balance. La série prend le temps de présenter chaque combattant, ses raisons et ce qu'il risque de perdre, pendant que les barrières qui protègent Tokyo tombent une à une.
