X1999
En 1999, Kamui Shiro revient à Tokyo, la ville de son enfance, après avoir perdu sa mère. Il porte en lui une épée sacrée, apparue à la mort de celle-ci. Il retrouve ses deux amis d'autrefois, Fuma et Kotori Monou, mais ces retrouvailles réveillent des visions inquiétantes. Car le sort de l'humanité doit se décider cette année-là, et c'est à Kamui de trancher. Deux camps l'attendent. Les Dragons du Ciel, réunis autour de la princesse Hinoto, veulent protéger les hommes. Les Dragons de la Terre, guidés par sa sœur Kanoe, font passer la survie de la nature avant celle des hommes. Quand Kotori est enlevée, Kamui ne peut plus rester à l'écart. Les affrontements entre les deux groupes éclatent alors en pleine ville et ravagent Tokyo, dans un film sombre aux images de fin du monde.