Rurouni Kenshin -Kyoto Disturbance-
Mai 1878. Toshimichi Ōkubo, l'un des hommes forts de la Restauration de Meiji, est assassiné en pleine rue. Derrière le meurtre se tient Makoto Shishio, l'assassin qui a succédé à Kenshin sous le shogunat finissant, brûlé vif par le gouvernement qu'il servait et bien décidé à le renverser. Depuis Kyoto, il lève une armée et prêche la loi du plus fort. Kenshin Himura, qui a juré de ne plus jamais tuer, comprend qu'il est le seul à pouvoir l'arrêter et quitte le dojo Kamiya. Kaoru, Yahiko et Sanosuke refusent de le laisser partir seul. Sur la route l'attendent la jeune ninja Misao, l'inquiétant Aoshi Shinomori et les dix lames que Shishio a réunies autour de lui.
