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Trois ans ont passé depuis la fin de la première saison. La cité virtuelle où tout se jouait autour d'un jeu de cartes est maintenant en ruines, conséquence du combat mené par Teruto pour sauver Kikka. Kikka n'est plus le Roi, cette entité qui servait de cœur au programme de la ville. Elle est désormais traquée par KUGE, l'envoyé du Roi, dont la mission est de capturer des gens pour leur voler leur force et maintenir le système en vie. De son côté, Hiyori Munenashi a beaucoup changé. Elle est devenue une meneuse, et elle n'a qu'une idée en tête : le retrouver et le sauver à son tour. Cette suite donne le premier rôle aux deux jeunes filles, et les duels de cartes y décident du sort de tous.
